En 1737, S.M. Felipe V aprobó los estatutos del Real Colegio de Boticarios de Madrid. Era esta una institución formada a partir de dos viejas cofradías de boticarios madrileños, la de Nuestro Señor San Lucas y Nuestra Señora de la Purificación, existente desde 1589 y la de Nuestra Señora de los Desamparados fundada en 1654.

Con su establecimiento, los Borbones daban satisfacción a una vieja inquietud de los farmacéuticos madrileños, mediante una institución a medio camino entre las viejas estructuras sanitarias gremiales, implantadas desde muy antiguo en el Reino de Aragón, y los nuevos centros de innovación científica, sin por ello minar el poder del Real Tribunal del Protomedicato, institución creada por los Austrias y mantenida por los Borbones en el epicentro de su actividad de control sanitario.

Este Real Colegio continuó su actividad, entre científica y profesional, a lo largo de los siglos XVIII y XIX.

En 1898, al decretarse la colegiación obligatoria para todos los farmacéuticos españoles, ratificada en 1917, se formó el Colegio Oficial de Farmacéuticos de Madrid, dedicado a tareas de control administrativo profesional y quedó el antiguo Real Colegio de Boticarios de la Corte entregado por entero a cuestiones científicas.

En 1920, bajo la Presidencia de José Rodríguez Carracido, se transformó oficialmente en corporación científica y el 6 de diciembre de ese año, S.M. Alfonso XIII, asistió a una de las juntas, ratificó su derecho a emplear el título de Real y le concedió la facultad de otorgar premios.

Por Orden del 5 de enero de 1932, firmada por Domingo Barnés, miembro del Ministerio de Instrucción Pública y Bellas Artes, dirigido por Fernando de los Ríos, en el segundo gobierno de Manuel Azaña, en el cual José Giral Pereira, académico, figuraba como Ministro de Marina, pasó a llamarse Academia Española de Farmacia.

Ante la protesta de la Academia de la Lengua, por Orden del 13 de mayo del mismo año se denominó Academia Nacional de Farmacia.

Por Decreto del 15 de septiembre de 1936 se disolvieron las Academias Nacionales dependientes del Ministerio de Instrucción Pública. El decreto dejó fuera a las de Farmacia y Jurisprudencia, aunque el Ministerio lo utilizó para evitar su incautación por parte de otras instituciones.

Tras la contienda civil, por Orden del 27 de julio de 1939 vuelve a cambiar el nombre a Real Academia de Farmacia y a los pocos meses optó por una nueva planta con tan sólo cincuenta y siete académicos de número.

Por Orden del 17 de junio de 1946 se establece en cuarenta el número de académicos, ya no únicamente farmacéuticos, sino también de ciencias afines.

Por Decreto de 9 de agosto de 1946, inspirado por el Ministro José Ibáñez Martín, se introduce la Real Academia de Farmacia en el Instituto de España

Por Orden del 28 de octubre de 1947 se destina el antiguo edificio de la Facultad de Farmacia, en la calle madrileña del mismo nombre, a sede de la Real Academia. Gracias al interés del académico Manuel Lora Tamayo, Ministro de Educación, se inaugura en 1967 con asistencia del entonces Jefe del Estado.

El primer lugar de España en donde se impartieron clases oficiales para los mancebos de botica fue el Real Jardín Botánico de Madrid, a partir de 1783. Desde 1787 también recibieron clases de Química en el Real Laboratorio de la Corte.

Los estudios oficiales de Farmacia comenzaron a instancias de S.M. Carlos IV en los Colegios de Farmacia.

Creados a imagen de los novísimos Colegios de Cirugía, el de Madrid se llamó de San Fernando. Empezó a funcionar, por primera vez en España, el 3 de marzo de 1806 en los locales del Real Colegio de Boticarios de la Corte, en donde permanecieron hasta 1815.

En 1827 los farmacéuticos españoles adquirieron, con la ayuda de una suscripción popular, una casa situada en la calle de San Juan (la actual calle de la Farmacia) en donde comenzó la docencia en el año 1830. Allí permaneció y continuó durante muchos años.

En 1845, el Colegio de Farmacia de San Fernando, instalado en la calle de San Juan, fue transformado legalmente en la Facultad de Farmacia de la Universidad Central.

La Universidad Complutense de Madrid comenzó su entonces modernísimo campus en unos terrenos cedidos por Alfonso XIII en La Moncloa en 1927. La Guerra Civil (1936-1939) llegó con la Facultad de Filosofía y Letras inaugurada y el resto de los edificios del campus sanitario a medio hacer. Convertida en campo de batalla, con episodios bélicos crudelísimos en el Hospital Clínico, se tardaron cuatro años, tras la finalización de la contienda, en tener preparada la nueva Facultad de Farmacia, situada en donde sigue en la actualidad.

En 1943 la Facultad de Farmacia comenzó su traslado, desde la calle de San Juan o de La Farmacia hasta su actual emplazamiento en la Ciudad Universitaria y en 1947 los antiguos locales de la Facultad, adquiridos por una cuestación pública, en la que participaron prioritariamente farmacéuticos, fueron cedidos a la Real Academia de Farmacia, con lo cual se cierra un ciclo de mutuas interdependencias.

Al entrar en vigor los estatutos del año 2003, se vuelve a cambiar la denominación por la de Real Academia Nacional de Farmacia, para dejar constancia de su ámbito de acción sobre todo el territorio nacional, a diferencia de las otras Academias autonómicas.