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La Real Academia se estructura orgánicamente, en las siguientes Secciones:      

1ª      Química y Física

2ª      Biología, Biotecnología y Farmacogenómica

3ª      Tecnología Farmacéutica

4ª      Farmacología y Farmacoterapia

5ª      Salud Pública, Alimentación y Medio Ambiente

6ª      Historia,  Legislación y Bioética                     

La enumeración anterior, tiene, solamente, carácter enunciativo y no limitativo. Por acuerdo de la Junta General se podrán introducir las modificaciones que se consideren oportunas. Las Secciones abarcan desde las Ciencias básicas, y las especialmente farmacéuticas, a las que hacen referencia a los nuevos avances científicos, como estímulo y compromiso de la Academia, y para adaptar su perfil a los nuevos conocimientos.